A presença de amônia em rios e reservatórios é normalmente indicação de poluentes agrícolas e/ou urbanos. Quando a concentração desta é demasiado alta, pode alterar o odor e sabor da água. Em aquários e em piscicultura (tanques de água doce e salgada), amônia é monitorizada devido à sua toxicidade para os peixes. Já em aplicações industriais, altas concentrações de amônia podem provocar a corrosão de tubagens.